明代的十四个皇帝和清代的顺治、康熙两个皇帝，都以乾清宫为寝宫。他们在这里居住并处理日常政务。皇帝读书学习、批阅奏章、召见官员、接见外国使节以及举行内廷典礼和家宴，也都在这里进行。
乾清宫正殿悬挂着“正大光明”巨匾。这四个大字是清代顺治御笔亲书的。封建统治者表面上标榜光明正大，暗地里却勾心斗角，皇子之间夺取皇位的斗争是相当激烈的。自雍正朝开始，为了缓和这种矛盾，雍正皇帝采取了秘密建储的办法，即皇帝生前不公开立皇太子，而秘密写定皇位继承人的文书，一式二份，一份放在皇帝身边；一份封在“建储匣“，和皇帝秘藏在身边的一份一同验看，由被秘密指定的继承人来即皇帝位。到了清代后期，由于咸丰皇帝只有一个儿子，同治和光绪皇帝没有儿子，这种办法也就无需使用了。
在乾清宫曾经举行过两次千叟宴。一次在康熙六十一年（1722年），一次在乾隆五十年（1785年）。第二次规模最大，年龄在六十年以上的有关人员三千多人参加了乾隆皇帝举办的宴会，其中大臣、官吏、军士、民人、匠艺等各种人都有。乾隆皇帝当时还召一品大臣和年龄九十岁以上的到御座前赐酒，并赐予每人以拐杖及其他物品。宴会上联句赋诗，共和诗三千四百多首。显示“普天同庆，共享升平”，以安抚民心。
在清代，乾清宫还是皇帝死后停放灵柩的地方，不论皇帝死在什幺地方，都要先把他的灵柩（叫梓宫）运到乾清宫停放几天。顺治皇帝死在养心殿，康熙皇帝死在畅春园，雍正皇帝死在圆明园，咸丰皇帝死在避暑山庄，都曾把他们的灵柩运回乾清宫，按照规定的仪式祭奠以后，再停到景山寿皇殿等处，最后选定日期正式出殡，葬入河北省遵化县的清东陵或易县的清西陵。
