玛卡鲜果是最原生态的玛卡果实，一般掺假的较少，但仍然有部分商家将芜菁（芜菁，又叫蔓菁，也属于十字花科，外形与玛卡接近，有青色品种和紫色品种。小型芜菁品种只有几十克，与玛卡相仿，但只能食用，完全不具备药用价值，通常用来制作腌菜。）掺和在玛卡鲜果中间鱼目混珠。辨认玛卡一看外表，新鲜玛卡根须很多，外表还长了很多纹路。二尝味道，纯正的玛卡带有淡淡的辛辣味。
2、玛卡干果
玛卡干果比鲜果容易造假。假玛卡干果主要采用的还是芜菁，芜菁的含水量大大高于玛卡，因此芜菁干果表面的皱褶明显多于玛卡干果，且皱褶较深，有时会开裂，但如果采用冻干的方法，这个区别就不是很明显了，制作精良的芜菁冻干干果基本可以以假乱真。
（1）假玛卡干果
除了假玛卡干果，还有劣质玛卡干果，主要包括空心玛卡干果、烘干玛卡干果、硫磺熏玛卡干果和染色玛卡干果。
（2）使用了膨大剂的空心玛卡干果
很多农户和小规模作坊没有能力修建大规模晾晒场地，玛卡鲜果只能通过高温烘干（超过80摄氏度）。一旦烘干，玛卡中宝贵的玛卡烯、玛卡酰胺、氨基酸、维生素和蛋白质等物质就会遭到极大破坏，芥子油苷基本挥发殆尽。烘干玛卡干果的颜色非常不均匀，甚至有焦黑状出现。烘干设备一旦控制不好，玛卡受热不均匀，就会影响玛卡品相。这种情况下，不法商家大多通过硫磺熏色来增加黄玛卡表层的色泽。烘干玛卡干果的特点是：干果黄的很不自然均匀，通常比正宗的玛卡干果看上去颜色更艳丽，光泽度更好，仔细闻可以闻到隐隐的硫磺味道，仔细看在表层褶皱中可能还可以发现硫磺熏过的残留物。
3、玛卡干片
玛卡干片比干果更容易人为操作。大多搀假的玛卡干片使用的是萝卜干片和芜菁干片。萝卜和芜菁因为含水量较高，干片的剖面褶皱较多，玛卡干片的剖面相比要光滑平整很多。我们可以根据干片剖面的平整度来辨别真伪。
