1. 红蜘蛛 红蜘蛛对瓜叶菊的危害始于3月份，此时温室内温度干燥。越冬后的雌成虫此时开始取食产卵，它们通常在叶背主脉周围为害。受害叶正面最初可见发绿的小白点，逐渐变红，叶背面出现丝网，被害叶片最终会脱落。最早预防应在冬季，保证瓜叶菊周边环境清洁，及时清除杂草落叶，检查盆土，消灭越冬虫源。在虫害发生期，若瓜叶菊尚未现蕾开花，可用2000倍40%三氯钉螨醇乳剂或者40%氧化乐果1000倍液每7天喷一次，共喷2~3次，效果较佳;若瓜叶菊已现蕾开花，为避免花卉敏感，尽量不喷施农药。可采用叶面喷水冲洗或利用口香糖粘除虫外，亦可用一些天然植物如大蒜、大葱、花椒等捣烂泡数天后的浸出液配合适量中性洗衣粉进行喷治。
2. 蚜虫 蚜虫体小，繁殖快，多群集在瓜叶菊的叶背及嫩茎吸取汁液为害。被害叶片变黄，向背面卷曲皱缩。一般冬季温暖、春季回暖早、雨水均匀的年份，在3月份开始为害。由于蚜虫会以卵在瓜叶菊上越冬，所以在冬季检查株体后，结合使用波美5度的石硫合剂喷洒植株，消灭越冬虫卵。在蚜虫为害期喷洒40%氧化乐果1200倍~2000倍或40%乙酰甲胺磷1000倍液。为避免花期药害，也可用植物性药剂如3%天然除虫菊酯、25%鱼藤精、40%硫酸烟精，均可稀释为1000倍~5000倍液。
3. 毒蛾 毒蛾对瓜叶菊的为害主要是幼虫，常被称为毒毛虫，初龄幼虫群集为害，啃食叶肉，留下表皮，似天窗状，稍大的毒毛虫分散为害，将叶片咬成缺刻、孔洞。整个植株从下部较大叶片开始受害，虫害始盛期多在4月份，此时温室内温度稳定在20℃左右，若采取药物防治，可用50%杀螟硫磷或50%辛硫磷1000倍液喷施。但这时瓜叶菊通常处于花期，只有人工捕杀较稳妥。值得注意的是毒毛虫对人体皮肤有毒害 ，会引起皮炎，故须戴手套用镊子捉捕来加以防范。
4. 白粉病 瓜叶菊最易感染白粉病，其属于一种广泛传播的真菌性病害。染病叶片正面出现白色粘着物，并卷曲变形，枯死早落。最简单的预防方法是保证充足光照，及时通风。若已经发病，在初期即需用1000倍的70%甲基托布津药液或稀释2000倍的50%代森铵药液，亦可用25%粉锈宁可湿性粉剂2000倍液进行喷治，控制病情。同时剪除病叶并销毁，将病株与健康株分离，以免相互传染，加重病害蔓延。
5. 根腐病和茎腐病 在冬季，瓜叶菊盆土内的水分往往不易收干，排水不良加上室内光照不足，空气过度湿润等不良因子，会造成根腐病和茎腐病的发生。表现为根、茎发黑腐烂。防治方法首先浇水后注意通风降湿。增加光照。其次刚发病的瓜叶菊，削去病部，敷上硫磺粉，换上疏松的培养土重新栽植。
总之，瓜叶菊的病虫害防治以预防为主，只有了解有关病虫害发生时间和规律，在此之前采取正确的防护手段，才能尽量的降低病虫害损伤，有效的提高瓜叶菊的观赏效果。
