此寺位于北京市区东城，是明正统八年（1443年）太监王振所建私庙。寺的布局在明代佛寺中很有代表性。山门内钟鼓楼左右对峙；经天王殿而进是正殿，正殿内供释迦佛及罗汉二十尊；殿前两侧东为大智殿，内供观音、文殊、普贤、地藏四菩萨像；西为轮藏殿，殿内转轮藏现尚好；正殿之后是一座楼阁，下层称如来殿，上层四壁木龛内有小佛像九千余尊，故称“万佛阁”。
北京智化寺万佛阁又称如来佛殿寺的规制并不恢宏，但殿内佛像、转轮藏、天花、藻井、彩画等，都极富丽堂皇，极尽雕镂修饰之能事，其中万佛阁的藻井和彩画是明代中期的代表作品。藻井在上世纪三十年代已被盗卖，现存美国纳尔逊博物馆。
