高旻寺位于江苏省扬州市刊江县西南20里，古运河和仪扬河汇合处，三叉河口西南岸，为清朝扬州八大名刹之一。
高旻寺始建于隋朝，清朝时达到全盛，经两次扩建，规模宏大。清顺治八年（1651年）建天中塔，塔旁建庙，称“塔庙”。康熙帝第四次南巡驻跸寺内，曾登寺内天中塔，极顶四眺，浩渺四眺，浩渺无际，遂赐书额“高旻寺”，并御制《高旻寺碑记》称它“龙归法座听禅偈，鹤傍香烟养道心”，有超尘脱世之感。康熙四十二年（1703年），在高旻寺西修建“塔湾行宫”。四十四年春，康熙帝第五次南巡驻跸新建行宫。行宫面积比高旻寺大，有高大的围墙与寺院隔开。高旻寺当时与镇江金山寺、成都文殊院、新都宝光寺并称“禅宗四大丛林”。 康熙年是，寺内有大雄宝殿五楹，供本世佛，左右有御碑亭。大雄宝殿之后为金佛殿，最后为天中塔。清道光、咸丰年间塔皆毁。同治、光绪年间复建增修，并建御书楼两层。近现代住持高旻寺的高僧有月朗和来果法师等。来查（1881-1953年）法师，俗姓刘，法名妙树，号净如，湖北黄冈人。1905年到句容县宝华山出家，后到金山寺参禅，勤学苦修，十年不懈。1928年到高旻寺，拜月朗方丈为师，他住持高旻寺期间，整顿寺院，严行戒律，革除积弊，恢复旧制，成绩显著。寺中的宝塔、大殿、禅堂、延寿堂、如意寮等建筑都得到修建，便高旻寺初具规模。
1949年后，高旻寺仍作为佛教活动场所，同佛教界管理使用。可惜十年动乱中，有关单位占用，拆除了大殿，另修了楼房，使这座千年古刹濒临废记。
十一届三中全会以后，宗教信仰自由政策重新得到贯彻和落实。1983年，高旻寺被国务院烈为汉族地区全国重点寺院，德林法师等僧众重返寺院。在有关部门的努力下，占用单位遂步迁出，高旻寺重新移交给佛教界管理使用。
“文化大革命”，高旻寺的一枚老山碧玉镂刻的玉印被当作“四旧”，以10元价格卖给扬州市文物部门。这枚玉印重6斤，呈方形，顶部雕有两只狮子，印面刻有“敕建维扬高旻禅寺记”九个篆字，十分珍贵。落实政策后，这枚已流入扬州市文物商店的玉印又完好无损的归还高旻寺。
近年来，高旻寺集资遂步修建寺院。在香港等地佛教徒的捐助下，1989年11月，高旻寺新禅堂举行了落成典礼。
这座禅堂由德林法师亲自设计，新颖独特，呈不等边八角形状，青砖绿瓦，古朴典雅。堂内光线柔和，清静整洁，可容三四百人打坐参禅。新禅堂的建立，继承和发扬了高旻寺坐禅打七“一支香”传统。还新修了方丈室、接待室和大雄宝殿。重建的大雄宝殿规模宏大，采用钢筋水泥结构，到1991年底，主体建筑基本完工。古老的高旻寺将以它新的姿态展现在人们面前。
高旻寺现任方丈德林法师，84岁，河北人，1934年出家，师从道智禅师。现任监院文龙法师，46岁，江苏仪徵人，1985年出家。
