普宁寺建筑风格独特,它吸收并融合了汉地佛教寺院和藏传佛教寺院的建筑格局,南半部为汉地寺庙的“七堂伽蓝”式布局,中轴线上依次分布着山门、天王殿、大雄宝殿等殿堂,两侧为钟鼓楼和东西配殿,南北长150米,宽70米。北半部为藏式寺庙建筑,以大乘阁为中心,周围环列着许多藏式碉房建筑物——红台、白台以及四座白色喇嘛塔。大乘之阁内部分为三层,阁内矗立一尊金漆木雕千手千眼观音菩萨,高22.28米,腰围15米,重达110吨,用木材120 立方米,是现在世界上最高大的木质雕像。像内是三层楼阁式的构架结构,中间为一根主木,四周组合许多根边柱,外钉衣纹占板密封,分层雕刻。佛像比例匀称,纹饰细腻,绘色绚丽,生动地表现了观世音菩萨的表情和神采,是我国雕塑艺术的杰作。
大乘之阁的北西东三面对称地构筑了四大部洲、八小部洲及四座喇嘛塔,布局适宜,造型优美,环大乘之阁而建。