目前，生产上使用的微生物肥料种类很多，其中最主要的有3种。它们性状各有不同，使用时的要求也不同。
一、固氮菌肥料 这是以能够自由生活的固氮微生物肥料为菌种生产出来的固氮菌肥料。它适合于各种作物，尤其是禾本科作物和蔬菜中的叶菜类作物。可与有机肥、磷肥、钾肥及微量元素肥料配合使用，能够提高固氮菌的生物活性，相得益彰。这种固氮菌肥料施用时可作基肥（与有机肥配合沟施或穴施，施后立即覆土）、追肥（把菌肥用水调成糊状，施于作物根部，然后覆土）和种肥（在菌肥中加适量水混匀，倒入种子混拌，捞出阴干即可播种）。
注意事项：一是适用于禾本科作物及蔬菜中的叶菜类蔬菜。它对于土壤的酸性反应很敏感，而适宜的土壤pH值为7.4~7.6。当土壤湿度为田间最大持水量的25%~40%时，固氮菌开始生育，至60%时生育最旺盛。一般在25℃~30℃的条件下生长最好。
二、磷细菌肥料 施用后把土壤中难溶性的磷转化为作物能吸收利用的有效磷素营养；又能分泌激素刺激作物生长的活体微生物制品。它可以作基肥、追肥和种肥，施用量看产品具体要求而定。基肥可与农家肥料混合均匀后沟施或穴施，施后立即覆土。作追肥时将肥液作物开花前期施于作物根部。种肥一般是将其加入适量清水后，调制成糊状，将种子放入混拌后，将种子捞出阴干播种。
注意事项：一是不同类型的解磷菌种互不拮抗，可复合使用。二是磷细菌不能与农药及生理酸性肥料同时施用。它使用时的适宜温度是30℃~37℃，适宜的pH值是7~7.5。用于缺磷的但有机质丰富的土壤效果好。
三、根瘤菌肥料 主要用于豆科作物接种，使豆科作物结瘤。当豆科作物种子萌发时，根系分泌的一些物质对根瘤菌有强烈的刺激作用。根瘤菌大量繁殖，聚集在根的周围，形成根瘤，根瘤菌寄主则不停地把根瘤固定的氮素转化、运输供自身利用。根瘤菌在使用上多用于拌种。即在豆科作物种植之前将根瘤菌肥料拌在种子上，通过促进共生固氮达到增产的目的。生产上常将根瘤菌与钼肥配合使用，增产效果更好。使用根瘤菌肥料，适宜中性及微碱性土壤。
注意事项：一是施用于酸性土壤时，要注意先加入石灰调节土壤酸度。二是不能与速效氮肥和杀菌剂同时使用，如种子消毒，应在拌种前2~3周拌药，避免影响根瘤菌的生物活性。施用过程中尽量避免阳光照射，施用根瘤菌肥料时，最好配合施用有机肥，不但可以促进有机肥的腐熟速度，而且能促进菌群的形成。豆科作物早期必须供应适量氮素，以促进作物和根瘤的发育。
