慈寿寺位于莆田县江口镇囊山村，俗称囊山寺。创建于唐僖宗乾符三年(876年)，历史悠久，是福建省著名古刹，在东南亚佛教界也有一定影响。1983年，被国务院列为汉族地区佛教全国重点寺院。
囊山寺的开山祖师是唐代高僧妙应禅师，初名伏虚庵，后改名延福院。僖宗光启二年(886年)，闽王王审知皈依妙应法师，为祝其母亲寿诞，遂将寺庙扩建，并奏请朝廷，赐名“慈寿禅寺”匾额。
妙应(820-898年)，俗姓黄，名文矩，字子薰，福建莆田县人。出家后法名涅槃。常口出谶语，举止怪诞，行踪不定。有时坐禅岩洞，数日不食；有时裸卧岩石，任蚊虫叮咬。因他出行时有两只驯虎跟随，人称伏虎祖师。他创建的囊山寺名声远扬，住寺僧人达千人，寺庙在太平、霞塘、南隐等处拥有田地。妙应法师圆寂后，葬于法堂的塔中，宋时迁于法堂西侧，重建宝塔，称慧薰塔。
宋太祖乾德二年（964年），朝廷又赐慈寿禅寺庄田20顷为寺产，赡养寺僧。宋仁宗景祐初年（1034年，对寺庙又进行了全面扩修，并建起了放目亭、云涛亭、苍霞亭、蘸绿亭、石屏轩、松风阁、云卧堂、白云堂、海月堂、延寿堂、西来室、幻如室、净居室、放光室等等。常住僧人数百人。宋高宗绍兴二十三年（1153年），24岁的朱熹中进士后到同安县任簿，在上任途中投宿囊寺，留下诗一首：
晓发渔溪驿，暮宿囊山寺。云海近苍茫，溪山拥深翠。
行役倦修程，投闲聊一憩。不学塔中仙，前途定何事？
元至元二十四年(1287年)，寺毁于火灾。至元二十六年(1366年)住持深公重建殿堂，恢复旧观。元代末年又毁于战火，僧众散尽。
明太祖洪武十一年1378年），住持道杰重建法堂，后续建祖殿。洪武三十一年（1398年），住持湘江法师集资建香积、斋堂及厢房。成祖永乐九年（1411年），住持永清法师重修毗卢阁、轮藏殿、钟鼓楼，后一行法师重建大雄宝殿。至宣德八年（1433年），慈寿寺拥的殿堂僧房300多间，重量同重现闽中名刹的风采。嘉靖年间（1522-1566年），慈寿寺遭到三次破坏，寺庙被毁，公轮藏殿和钟楼幸存。
清朝时，寺庙一直衰败，未能恢复明朝初年的规模。光绪十一年(1885年)，住持通源法师手敲木鱼，四处募化，重修了大雄宝殿。今天在大雄宝殿还挂着这样的楹联：“伏虎初兴慈寿寺，敲鱼重振古囊山”。1908年，源智、慧贤法师相继兴建禅堂、斋堂、库房、客室、钟鼓楼、伽蓝殿、祖师殿、功德堂及左右两廊。1932年住持化光及证明、妙义法师又重建方丈室和山门。这些建筑都采用砖木混合结构，至今保存完好。 中华人民共和国成立后，人民政府十分注意囊山慈寿寺的保护和维修工作，支持僧众按照佛教丛林规章管好这一千年古刹。1951年，在海外侨僧资助下，修建了辟支岩了塔，创建茶毗场，增建了藏经阁。1956年，住持化光法师主持树立了《囊山慈寿禅寺历代中兴碑记》。到“文化大革命”前，寺中仍住僧30余人。
“文化大革命”中，僧众流散，停止了佛事活动。中国共产党十一届三中全会以后，宗教信仰自由政策得到恢复和落实。1981年，囊山慈寿寺经政府批淮作为佛教活动场所重新开放，僧人重新回到寺内，过着正常的宗教生活，同时募集资金，重塑佛像，对殿堂进行全面修复。1983年，慈寿寺被列为汉族地区佛教全国重点寺庙后，加快修复的步伐。23名僧人发扬“农禅并重”的优良传统，耕种田地、看护山林，开垦耕地。囊山慈寿寺在海外拥有6个下院，如马来西亚的紫竹亭、观音亭、慈光亭，印度尼西亚的金德院、廖内岛妈祖宫和茂物福德庙等。近年来，这些下院不断前来朝拜祖庭，增进了了解和友谊。
