黄檗山万福寺位于福建省福清市渔溪镇，创建于唐德宗贞元五年（789年），至今已有1200余年历史。这里名僧辈出，是中国禅宗著名的丛林，同时也是日本黄檗宗的祖庭，在中日佛教文化交流史上占有重要的地位。1983年被国务院确定为汉族地区佛教全国重点寺院。
唐朝贞元五年（789年）正干禅师在黄檗山修行，开创了般若堂，数年后改建万福寺。黄檗山因山上多产檗木而得名。这里风景秀美，岩壑幽邃，有香炉、吉禅、宝峰、体盂、罗汉、天柱、文笔等诸峰，林泉幽美，秀艳闽中，后临济宗名僧希运法师在此出家，他得法于百丈怀海后，一度任万福寺。后义玄法师参学希运，在河北正定县创立临济禅院，使临 济宗成为禅宗的得要派别，盛行天下。希运法师之后，有大安、月轮等禅师住持万福寺。
宋朝时，万福寺很兴盛，至元朝渐趋衰微。明朝时得到复兴。洪武二十三年（1390年），大休禅师住持万福寺，在地方官吏的资助下，重修天王殿、大雄宝殿及法堂，使之初步恢复，但嘉靖三十四年（1555年），遇倭寇之乱，又被焚毁。万历二十九年（1601年），正圆禅师结第于此，筹措资金予以重修，初具规模。万历四十二年（1614年），明神宗御赐藏经678函，并敕额“万福禅寺”及紫衣、白镪、千金等物，万福寺得到复兴。
明朝崇祯十年（1637年），隐元法师任万福寺住持。隐元(1592-1673年)是明清之际禅宗名僧，俗姓林，福建福清人。
九岁就学，翌年辍学，以耕樵为业，23岁到浙江普陀山朝拜。泰昌元年(1620年)到黄檗山万福寺出家，拜大休的弟子鉴源法师为师，后四处参学《法华经》、《楞严经》，从密云圆悟(1566一1642年)受心印。祟祯四年(1631年)任黄檗山西堂，崇祯十年任住持。隐元法师前后住持17年，开堂说法，僧众逾千，殿阁宏丽，堂宇周密。
清顺治十一年(1654年)，应日本佛教界邀请，隐元禅师率僧众从万福寺出发，经泉州、厦门，在郑成功将军的支持下，东渡日本，到达长崎兴福寺01661年，在日本皇室和佛教界的支持下，隐元法师在京都宇治醍醐山麓按福清万福寺规模式样，创建了“黄檗山万福寺”。隐元法师是继唐僧鉴真和尚之后又一位中日两国文化交流的杰出使者。历代日本天皇相继敕赐他“大光普照国师”、“佛慈广鉴国师”、“径山首出国师”、“觉性圆明国师”、“真空大师”等称号，在日本人民中享有崇高的威望。隐元博学多才，精于建筑、医药、诗文、书法，还被日本奉为茶道的中兴祖师。
日本的万福寺至今保存完好，被日本政府列为国家重点文物。它的格局是典型的中国明朝佛教寺院的布局，中轴线上依次是山门、天王殿、大雄宝殿、法堂，两侧回廊联接着钟楼、鼓楼、伽蓝殿、方丈室等，遥相对峙。殿堂内的四大天王、弥勒、韦驮、释迦牟尼等塑像都出自隐元弟子之手，与中国佛教寺院雕塑风格相同。寺内还有44幅匾额、56幅对联，都是隐元、木庵、即非等手书，十分珍贵。如隐元所书“宝殿落成日，坛花出现时”联，及“宫殿飞来松隐中，却容卤莽掣颠风，松仙影里呵呵笑，难得西来一老翁”诗句，都被日本政府列为“国家重要文化财”(国家重点文物)。隐元东渡时，还携带了大量经典、名人书画、医药书籍和植物种子等，为促进两国文化、科学技术的交流作出了贡献。隐元由日本后水尾上皇授以“大光普照国师”称号。隐元之后，该寺十多代住持都是中国渡日的僧人担任。这里的佛事活动、僧人生活至今按隐元传下来的中国寺庙传统方式进行，念经的发音都带有福州方言的味。
目前，日本黄檗宗所属寺庙达500多座。日本佛教界称福清市的祖庭为“古黄檗”，称京都的万福寺为“新黄檗”。
1979年11月，日本京都黄檗山万福寺及所属各寺，以黄檗宗议会议长吉井鸠峰为团长的“日本古黄檗拜塔友好访华团”一行18人，首次来福清黄檗山拜塔谒祖。
清末以来，黄檗山万福寺因年久失修，加上山洪暴发，殿堂尽遭毁坏。中华人民共和国成立后仅留下一座法堂。1983年，万福寺被列为汉族地区全国重点寺院，中国佛教界决心予以重修，逐步修复昔日旧观。1983年，日本“日中友好临黄协会”访华团一行20人来朝山时，树立了“日本黄檗山万福寺开山隐元禅师东渡振锡之地”的石碑，以示纪念。近年来，日本黄檗宗又多次组团来访，加深了两国佛教界的交往和了解，增进了友谊。
1989年5月，中国佛教界成立了福建省福清市黄檗山万福寺修建委员会，并举行了破土动工仪式。目前，第一期工程已初步结束，在原法堂基础上翻修成观音堂，并建起了隐元堂。第二期工程准备修复天王殿、大雄宝殿、法堂，第三期工程再筹资修复两侧功德堂、方丈室、禅堂及厢房等建筑。
1992年，万福寺有8名常住僧人，广济法师任监院。1992年是隐元法师诞辰400周年纪念，6月24日万福寺举行了盛大法会，纪念这位中日佛教界的友好使者。当天，日本黄檗宗第四次友好访问团一行78人，专程前来参加这一盛会，受到福建省佛教界的热情接待。法会上，华僧和日僧共同唱念佛经，焚音嘹亮，久久回荡在殿堂和群山之中。千年古刹，彩旗似海，观众如潮，盛况空前。
1995年6月20日，日本黄檗宗隐元纪念堂落成法要特别访华团一行33人来福清市黄檗山万福寺参加隐元纪念堂落成典礼。有关方面负责人和福清各界200多人参加了庆典仪式。
远看黄檗山隐元纪念堂红色的建筑群在碧绿丛中分外醒目，近看中国佛教协会会长赵朴初居士题写的“隐元纪念堂”金光闪闪的匾额，使纪念堂更加庄严肃穆，隐元禅师的雕像端坐在纪念堂中，坐像两旁悬挂着日本朋友赠送的字画和锦旗。法会在钟声、鼓声、梵音声中开始，日本朋友在日本黄檗宗前宗务总长内藤文雄长老带领下参加了由万福寺监院广济老法师主持的佛事活动。福清市政协主席邱玉清先生、福建省佛教协会副会长传常法师、黄檗山万福寺监院广济老法师等分别讲话欢迎日本朋友的到来，并向日本黄檗宗前事务总长内藤文雄长老和奉纳者山冈容治先生表示感谢。随后，中日双方代表为隐元纪念堂落成剪彩，共同祝愿中日两黄檗的友谊万古长青。
