在花和树的生长和发育期间，根和茎和叶继续呼吸，因此需要氧气并释放二氧化碳。盆栽植物的根部被限制在花盆中。土壤面积小，盆土与空气接触面积小。如果土壤很重，浇水后多余的水不能排出，导致水盆的含水量饱和。结，当从根部呼出的二氧化碳不能排出时，新鲜的氧气无法补充，许多厌氧腐生菌在缺氧环境中会丰富并侵染根部而导致腐烂的根系。
莲花和睡莲等水生花卉的地下茎和纤维根一年四季都不会在泥水中腐烂？这是因为叶子中心有一个呼吸器官和叶柄，称为“鼻子”，空气中的氧气可以通过鼻子进入叶柄中间的孔，然后运到地下茎为了根源呼吸。如果池中的水上升并且叶子被淹没，则鼻子不能吸入氧气，并且地下茎和纤维根将会窒息并死亡。
为什么水培不会腐烂？这是因为水含有一定量的氧，并且水培槽中的水不断流动或更换，从而补充新鲜的氧气以满足根部呼吸。更重要的是：水中不含有大量有机物质，如土壤，因此没有腐生菌所依赖的环境条件，也不会感染根系和腐烂的根。
