微耕机以其轻便、灵活、多功能以及价格低廉受到大棚蔬菜种植户的青睐，但种植户又普遍反映微耕机故障率较高。究其原因，多是机手磨合、使用、保养不当造成，专家提醒机手，微耕机在使用中要“三到位”。
一、新机磨合要到位
不少人认为磨合既耽误时间又浪费油料，实在“不合算”;有的人没有磨合就直接进行大油门高转速使用，也有的不懂磨合的概念，以为空转2~3个小时就可以了。据专家介绍，磨合是一个循序渐进的过程，必须从小油门低转速、低档位、低负荷开始，逐步加大到高转速、位、大负荷。其目的是在良好的技术条件和润滑条件下，通过缓慢的增加负荷，逐步磨去零件配合表面的不平部分，为机器的正常使用和延长寿命打下基础。所以，农户在使用中必须严格按照说明书的要求进行必要的磨合。
二、操作方法要到位
微耕机在使用中，操作方法不到位，很容易造成一些故障。操作中，首先要避免长时间超负荷作业。在水田和较硬的田块作业时，发现机器冒黑烟，要及时减档。不要长时间翘头工作，否则容易使发动机润滑不良。
其次，发现异响要停机检修，排除故障后才能重新启动；各种间隙要勤调整；转向时要抬扶手，不能利用助力耕刀转弯，这样容易折断助力耕刀。
三、保养要到位
由于微耕机工作的环境较恶劣，保养就显得尤为重要。在工作中，由于零部件互相摩檫震动，油、泥、水的侵袭，不可避免的会造成零部件的磨损、连接松动、腐蚀老化，从而使微耕机技术状态变坏，功率下降，油耗增加，磨损加快，故障不断出现。机器无力、启动困难、散热效果差、动力不足等，是典型的保养不够造成的故障。
为防止上述情况的发生，就必须严格执行“防重于治，养重于修”的维护保养制度。保养必须严格按照周期和内容来进行，在保养中，要避免用冷水给风冷机降温、使用质量不过关的燃油和润滑油、乱紧机体上的螺丝等错误保养措施的出现。