小的容器苗可用喷灌，而较大的容器苗就需用滴灌，这样有利于节约用水，又有利于植物的生长；同时，还需要有与之配套的水泵房，输排水系统，保证植物的水分供应和过多水分的排出。
水质、灌溉方式和灌水量是容器栽培生产的重要因素．
1、水质
只有好的水质，才能培育出高质量的苗木。一般来说，中性或微酸的可溶性盐含量低的水为佳，有利于植物的生长。水中不含病菌、藻类、杂草种子就更为理想。
2、灌溉方式
容器苗的灌溉方式主要有喷灌和滴灌，一般来说，灌木和株高低于2米的苗木多采用喷灌，而摆放较稀的大苗则以滴灌为主。国外苗圃业早已采用计算机自动控制滴灌，如现代化的欧美苗圃业．全自动控制滴灌技术不仅可以节约用水，滴灌均匀，还可以兼作施肥，省工省力，且施肥均匀，效果好．从长远来看，减少的劳动力所节省的费用远高于滴灌设备的投入．而且，自动控制喷灌的效果也优于人工喷灌，特别是容器栽培，自动滴灌的节水效果更为明显．不论哪种灌溉方式，灌溉的时间是早晨，这样可减少病虫害的发生．
由于容器苗木布置较稀疏，间距较大，水大部分进不了容器内，而喷洒在空地上，所以用喷灌会造成水、肥的浪费，同时喷灌会使地面太潮湿不利于田间操作。建议采用滴灌方式为宜。
基质的透水性，对滴灌的水量分布影响较大。如果透水性好，滴灌水垂直渗透速度远大于横向速度，这样在容器中只有很小的面积能得到水，所以采用滴灌时一定要保证基质能保水，否则滴灌的水大部分都流到地面上。由于水渗透的原因，对于小容器，每个容器用一只滴头，大的用2-4只滴头。
采用滴灌时，灌水方式与传统的人工灌水有所不同，一般采用少量多次的办法。比如原来人工灌水一天灌一次10L水，滴灌则可以2次或3次，每次2-3L即可，灌水总量可以是人工灌水的50-70%。
3、灌水量
不同植物需水不同，应据此对苗木进行合理分区。需水量相同或相近的苗木分在同一区或组，在灌水时一定要确信每容器都能获得大约等量的水。容器苗的用水量-般要大于地栽苗，灌溉的次数也随着季节的不同而不同，灌水量和灌水次数依植物的需要而定。
由于喷灌的均匀度较差，很难做到每个容器得到等量的水，所以在种植对水份较敏感的品种时，选用滴灌方式。
三、施肥
苗木的生长速度与施肥关系密切。容器苗与地栽苗不同，吸收不到土壤中的肥料，主要靠人工施肥来补充营养，由此可见，施肥对容器栽培来说尤为重要。在北美，容器栽培基质生产厂家已按植物的需要在基质中加人了适当比例的肥料，可满足植物生长初期的需要，因此，还需不断地补充肥料。国外苗圃主要有两种施肥力方式：一种是在容器苗的基质中施用适量的长效肥，适于绿化大苗的生产；另一种是把可溶性肥料按一定的比例溶于水中，结合滴灌直接施入，这种方式对于小苗和小灌木采用较为合理。