为了提高中药材种子品质，防治种子病虫害，打破种子休眠，促进种子萌芽和幼苗健壮成长，中药材种子在播种前要进行处理。其处理方法如下。
一、选种选取颗粒饱满、发育完善、大小均匀一致、不携带病虫卵和生命力强的种子。数量少时可手工选种，数量大时可用水选或风选。
二、晒种播种前晒种能促进某些药材种子的生理后熟，促进种子内部新陈代谢，增强种子成活力，提高发芽势和发芽率，并起到的作用。晒种一般选晴朗天气晒2～3天。在水泥地上晒种时，注意不能摊得太薄，以防种子，一般以5～10厘米为宜。每隔2～3小时翻动1次，使种子受热均匀。
三、浸种用冷水或40℃左右温水直接浸种或冷、热水变温交替浸种24小时，可使种皮老化、透性增强，并能杀死种子内外所带病菌，防止病害传播，促使种子快速、整齐地萌发。若浸种时采用一些化学物质直接进行种子处理，可得到更好效果。
1、根据种子特性选择适宜的化学药剂处理种子党参种子在0．1％小苏打、0．1％溴化钾溶液中浸30秒钟，捞起立即播种，一般发芽可提早10～12天，发芽率提高10％左右。
2、用生长处理常用有吲哚乙酸、赤霉素等。党参种子用0．005％的赤霉素溶液浸6小时，发芽率提高11．5％。
3、在水中加入微量元素浸种常用的微量元素有硼、锌、锰、铜、铝等。如桔梗种子用0．3％～0．5％高锰酸钾液浸1天，种子和根的产量分别提高30％～35％。
4、擦伤和破壳处理有些药材种子种皮坚硬、富含蜡质、不透水，影响到种子的萌发。采用人工破壳、搓擦等方法损伤种皮，可增强透性，促进萌发。杜仲可采用剪破翅果，取出种仁直接播种；黄芪、穿心莲的种子种皮有蜡质，可先用细砂磨擦，再用温水浸种，可显著提高发芽率。
5、层积处理即一层湿沙、一薄层种子，再盖一层湿沙、撒一薄层种子，以此重复堆积处理。此法可打破种子休眠促进后熟和萌发。芍药、黄连、银杏等种子常用层积处理来促进萌芽。
6、拌种一般用药剂拌种，可起到、促进生长和吸收的作用。每500克种子加1公斤50％多菌灵拌种，可杀死种子表面及土壤中的病菌，防止幼苗摔倒病。此外，采用肥料拌种，可增加土壤中有益微生物，把土壤和空气中植物不能直接利用的元素变成植物可吸收的养料，从而促进中药材的生长发育。现常用的菌肥有根瘤菌剂、固氮菌剂等。
除以上常用的方法外，还可用射线、超声波处理药材种子，有促进发芽、生长旺盛、早熟增产等作用。